Cession de fonds de commerce par une société soumise à l’IS : tout savoir
Vous envisagez de vendre une activité que votre société exploite depuis plusieurs années ? Que ce soit par envie de changement, pour recentrer votre stratégie ou préparer une transmission, la cession d’un fonds de commerce soulève vite des questions très concrètes. Et si votre entreprise est soumise à l’impôt sur les sociétés, mieux vaut en comprendre toutes les implications, surtout du côté fiscal. Entre plus-value, traitement comptable, déclarations à anticiper et conséquences sur la trésorerie, cette opération ne s’improvise pas.
Comment se déroule une cession de fonds de commerce ?
Avant de s’attarder sur les conséquences fiscales, il faut revenir brièvement sur ce que recouvre une cession de fonds de commerce. Il ne s’agit pas de la vente de l’entreprise dans sa globalité, mais uniquement d’un ensemble d’éléments qui composent l’activité commerciale : clientèle, droit au bail, nom commercial, enseigne, matériel, stocks, etc. Le repreneur n’achète pas les parts sociales ou actions de la société, mais uniquement l’outil d’exploitation.
Dans le cas d’une société soumise à l’IS, c’est la personne morale (la société elle-même) qui vend le fonds de commerce. Elle reçoit le prix de cession sur son compte bancaire, ce qui déclenche un certain nombre d’obligations fiscales et comptables.
La cession est formalisée par un acte écrit signé par les deux parties. Il doit comporter plusieurs mentions obligatoires :
- le prix,
- les éléments cédés,
- les chiffres d’affaires des trois dernières années,
- les résultats,
- les informations sur le bail commercial,
- et éventuellement les dettes rattachées au fonds (sous réserve de leur reprise).
L’acte est ensuite enregistré auprès des impôts et fait l’objet de formalités de publicité, notamment au BODACC.
Quel est le régime fiscal applicable à la cession ?
Lorsque la société relève de l’impôt sur les sociétés, le prix de cession est imposé comme une plus-value professionnelle. Cela signifie que l’éventuel gain réalisé par la société lors de la vente est soumis à l’IS, après déduction de la valeur nette comptable du fonds.
Prenons un exemple simple : une société détient un fonds de commerce inscrit à son actif pour une valeur de 80 000 euros. Elle le revend pour 120 000 euros. La plus-value s’élève donc à 40 000 euros. Ce montant est intégré au résultat fiscal de l’exercice et soumis au barème de l’IS (15 % jusqu’à 42 500 € de bénéfice pour les PME éligibles, puis 25 % au-delà en 2025).
Il est important de noter qu’il n’existe pas d’exonération des plus-values pour les sociétés soumises à l’IS, contrairement aux entreprises individuelles relevant de l’impôt sur le revenu, qui peuvent bénéficier sous conditions d’exonérations en fonction de la valeur du fonds ou du départ en retraite. La société devra donc déclarer et payer l’impôt sur la totalité de la plus-value réalisée.

Conséquences comptables et obligations déclaratives
La cession du fonds a aussi un impact direct sur la comptabilité de la société. Le produit de la vente est comptabilisé dans les produits exceptionnels, et la plus-value est enregistrée dans le compte de résultat de l’exercice.
La société doit également procéder à une sortie d’actif, ce qui implique de constater la valeur nette comptable du fonds et de la comparer au prix de vente. Si le fonds de commerce avait été acquis plusieurs années auparavant, il est possible que sa valeur d’origine ait été amortie en partie, ce qui augmentera mécaniquement la plus-value imposable.
Du côté des déclarations, il faudra déposer :
- un formulaire spécifique de déclaration de cession (formulaire 2074-ET ou liasse fiscale selon la nature des éléments vendus),
- une déclaration auprès du SIE (service des impôts des entreprises) dans les 30 jours suivant l’acte,
- et effectuer les formalités auprès du greffe et du CFE pour la mise à jour des informations légales de la société.
Que faire du produit de la vente ?
Une fois la cession réalisée, la société se retrouve avec une trésorerie disponible issue de la vente. Elle peut l’utiliser pour réinvestir dans une nouvelle activité, rembourser des dettes, distribuer des dividendes ou même envisager une dissolution.
Attention, si les associés souhaitent percevoir une partie du prix de cession sous forme de dividendes, ces sommes seront soumises à une fiscalité distincte (prélèvements sociaux + PFU ou barème progressif, selon l’option choisie). Cela peut créer une double imposition : d’abord au niveau de la société via l’IS, puis au niveau des associés.
Dans certains cas, si la vente du fonds est suivie d’une cessation d’activité, la société devra également procéder à sa liquidation amiable. Cette opération entraîne elle aussi des conséquences fiscales, notamment sur la distribution du boni de liquidation, qui peut être soumis à l’impôt pour les associés.
Cession partielle ou transfert d’activité ?
Il arrive que la société vende seulement une partie de son activité, notamment si elle exploite plusieurs fonds de commerce, ou si elle souhaite se recentrer sur un seul secteur. Dans ce cas, il est impératif de bien isoler les éléments cédés et de vérifier les impacts juridiques de la vente partielle.
Il faut également être vigilant à ne pas requalifier la cession de fonds en cession d’entreprise, surtout si l’opération inclut la majorité des actifs et des contrats en cours. Le traitement fiscal peut alors être différent.
Dans le cas d’une transmission à une autre société du même groupe (dans le cadre d’une réorganisation interne), des mécanismes de report ou de neutralité fiscale peuvent exister, mais ils supposent le respect strict de certaines conditions (article 210 A et suivants du CGI).

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